Dejiny nášho gymnázia sa začali písať prakticky už rok pred jeho zriadením. V septembri 1990 sa v budove Gymnázia na Piaristickej ulici zišli rodičia z Nitry a okolia s úmyslom otvoriť v našom meste cirkevné gymnázium. Tu sa sformoval výbor kresťanského klubu rodičov na čele s Ing. Ľudovítom Welnitzom a Ing. Ľudovítom Michalíčkom, CSc. Už v decembri toho istého roka sa znovu zišlo vyše dvesto záujemcov a prikročilo sa k prvým konkrétnym krokom.

Pod hlavičkou Biskupského úradu v Nitre, menovite generálneho vikára Františka Rábeka, sa urobil prieskum záujmu o štúdium na cirkevnom gymnáziu. Oznámenie bolo zverejnené vo všetkých kostoloch a 9. decembra 1990 aj v Katolíckych novinách.

Po predložení koncepcie sídelnému biskupovi Jánovi Chryzostomovi Korcovi v marci 1991 udalosti nabrali rýchly spád. Po splnení všetkých podmienok pre zaradenie školy podľa platnej legislatívy bolo Gymnázium sv. Cyrila a Metoda v Nitre 2. mája 1991 zaradené ministrom školstva do siete stredných škôl a súčasne boli vymenovaní prví traja zamestnanci – Doc. PhDr. Karol Križalkovič, CSc. za riaditeľa, Mgr. Dagmar Babčanová za zástupkyňu riaditeľa a Ľudmila Kuklová za hospodársko-administratívnu pracovníčku. Dňa 27. mája 1991 podpísal Ján Chryzostom Korec, sídelný nitriansky biskup, zriaďovaciu listinu nového biskupského gymnázia.