Gymnázium sv. Cyrila a Metoda v Nitre zriadil na žiadosť rodičov 27. mája 1991 nitriansky diecézny biskup Ján Chryzostom Korec. Škola vznikla v prenajatých priestoroch na Priemyselnej ulici, kde bol umiestnený aj domov mládeže. Z pôvodných 250 študentov narástol ich počet postupne na 550, z ktorých asi 80 býva na internáte. V priebehu niekoľkých rokov gymnázium dostalo od zriaďovateľa vlastný objekt na Farskej ulici v Nitre.

Od roku 1995 pribudla na gymnáziu i osemročná forma štúdia. Triedy boli zamerané na cudzie jazyky alebo mali všeobecné zameranie s výraznou diferenciáciou podľa záujmu vo vyšších ročníkoch. Od 1. januára 2005 sa rozhodol Biskupský úrad v Nitre zriadiť Spojenú katolícku školu, do ktorej začlenil spolu so Základnou školou sv. Svorada a Benedikta i Gymnázium sv. Cyrila a Metoda. Vznikla tak najväčšia katolícka škola v diecéze, ktorá má viac než 800 študentov a 60 učiteľov.

O štúdium na škole je stále veľký záujem, ktorému, žiaľ, nezodpovedajú kapacitné možnosti objektu. Od školského roka 2008/2009 sa začala obsahová reforma školstva a gymnázium od prvého ročníka nabehlo na nový školský vzdelávací program. Gymnázium sv. Cyrila a Metoda ponúka okrem kvalitného vzdelávania i zodpovednú duchovnú a mravnú formáciu a množstvo mimoškolských aktivít.